A történet elején megismerjük a roppant ellenszenves Vernon Dursleyt, feleségét, Petuniát, és fiukat, Dudley-t. Egy éjszaka a bölcs, öreg mágus, Albus Dumbledore és kollegája, az időnként macskaalakot öltő Minerva McGalagony professzor találkoznak Dursleyék Privet Drive 4. cím alatt található házánál, igen fontos ügyben. Ugyanis Petunia varázserővel megáldott nővérét, Lilyt és férjét, James Pottert meggyilkolta a rettegett feketemágus, Voldemort. Mikor azonban gyereküket, Harryt próbálta meg eltenni láb alól, a halálos átok visszahullott Voldemortra, aki csak a horcruxok miatt nem halt meg (ld. később), s menekülnie kellett. A csecsemőt Rubeus Hagrid, az óriás mentette ki a ház romjai közül, és hozta el Dumbledore-nak és McGalagonynak. Az öreg mágus levélben tájékoztatja Dursleyéket a történtekről, és azt kéri, viseljék gondját unokaöccsüknek.

Vernon bácsi és Petunia néni, muglik (varázstalan emberek) lévén, rettegnek Harry varázserejétől, ezért eltitkolják előle a múltját. Ráadásul azt gondolják, ha kellően erőszakosan bánnak unokaöccsükkel, akkor sikerül kiirtaniuk belőle a mágiát. Harry környezetében azonban időről időre furcsa dolgok történnek. Egy állatkerti látogatás során például beszélgetésbe elegyedik az óriáskígyóval, majd (akaratán kívül) eltünteti a terrárium üvegfalát, ezzel kiszabadítva az állatot. Harry nem érti, miért történnek vele ilyenek, míg végül kap egy levelet a Roxfort Boszorkány- és Varázslóképző Szakiskolából. Vernon bácsi azonban elpusztítja a levelet, mielőtt unokaöccse elolvashatná. Mikor Harry újabb és újabb leveleket kap a Roxfortból, Vernon elviszi családját és egy kis, barátságtalan szigetre, ahol a "postások" biztosan nem találnak rájuk. Ám csalódnia kell: Hagrid idáig utánukjön, és miután bemutatkozik Harrynek, átadja a levelet, és felvilágosítja a fiút a varázserejéről. Ezután magával viszi Harryt a varázslóvilágba, az Abszol útra, ahol megveheti tanszereit. Harry itt szembesül vele, hogy híres: a varázslók ismerik és tisztelik, mint a fiút, akinek köszönhetően megszabadultak Voldemort rémuralmától.

Szeptember elsején Harry a King's Cross Pályaudvaron találkozik a Weasley családdal, akik segítenek neki megtalálni a kilenc és háromnegyedik vágányt, ahonnan indul a Roxfortba tartó vonat. Harry a vonaton összebarátkozik a legfiatalabb Weasley fiúval, Ronnal, valamint megismerkedik még jó pár leendő osztálytársával, többek között Hermione Grangerrel, Neville Longbottommal és Draco Malfoyjal. A Roxfortban a Teszlek Süveg Ront és Hermionét a Griffendélbe, Dracót a Mardekárba osztja. Harrynek azt mondja, hogy jó helye lenne a Mardekárban, de Harry, aki sok rosszat hallot már a házról, tiltakozik, így végül a süveg a Griffendélbe küldi.

Harry és barátai különféle varázslatos tantárgyakat (bűbájtan, átváltoztatástan, bájitaltan, mágiatörténet, sötét varázslatok kivédése, gyógynövénytan, repülés) tanulnak a Roxfortban. Harry tehetsége az első repülés-órán feltűnik McGalagony professzornak, aki beajánlja Harryt a Griffendél kviddics-csapatába.

Harry az iskolai kóborlásai során (amelyekben nagy segítségére van apja láthatatlanná tevő köpenye) megmenti Hermionét egy, az iskolába beszabadult trolltól, és viszontlátja szüleit Edevis tükrében, egy varázstükörben, amely megmutatja az ember legáhítottabb kívánságát. Többször eljut a harmadik emeleti tiltott folyosóra, amelyet egy vérszomjas háromfejű kutya őriz. Hagrid elmondja a gyerekeknek, hogy az állat az övé, és Bolyhoskának hívják. Harry és barátai megkérdezik az óriást, mit őriz a fenevad, de Hagrid annyit felel, hogy ez csak Dumbledore-ra és Nicolas Flamelre tartozik. Hermione kinyomozza, hogy Flamel alkimista, és ebből arra következtet, hogy a kincs csakis a bölcsek köve lehet.

Minden jel arra mutat, hogy a bájitaltan-tanár, Perselus Piton el akarja lopni a követ. Harry kihallgatja Piton és a sötét varázslatok kivédését oktató Mógus egy veszekedését, amely során Piton a követ emlegeti, majd pedig egy titokzatos idegen sárkánytojást ad el Hagridnak, és közben Bolyhoskáról érdeklődik. Harry először azt gondolja, a professzort csak a kapzsisága vezérli, de Firenzétől, a bölcs kentaurtól megtudja, hogy valaki az erdőben unikornisokat öl, hogy vérükkel életben tartsa a lelkét: a kő nem Pitonnak, hanem neki, Voldemortnak kell, hogy visszanyerje az erejét.

Miután McGalagony professzor nem hallgat Harryre, a fiú Ronnal és Hermionéval elindul, hogy megfékezze Voldemortot. Sorra le kell győzniük a követ védelmező akadályokat: a háromfejű kutya mellett egy ördöghurok nevű húsevő növény, néhány repülő kulcs, egy sakkjátszma, egy (szerencsére már halott) troll és egy bájitalos rejtvény várja őket. Végül Harry szembenéz ellenségével, aki meglepetésére nem Piton, hanem Mógus, tarkóján Voldemort arcával. A bölcsek kövét Mógus csupán Edevis tükrén keresztül tudná megszerezni, de erre képtelen. Mikor Harry belenéz a tükörbe, a kő varázslat (csak az tudta megszerezni a követ, aki meg akarta találni ugyan, de nem volt vele célja – ezt Dubledore találta ki) folytán hozzá kerül. Voldemort először hízelgéssel, majd erőszakkal próbálja elvenni Harrytől a követ, de a fiút megvédi az anyja szeretete és önfeláldozása: amikor Mógus-Voldemort hozzáér Harry bőréhez, Mógus teste elkezd elporladni a benne lakozó gonosz miatt. Voldemort szelleme végül elhagyja Mógus testét, aki ezután meghal.

Dumbledore és Flamel úgy határoznak, a bölcsek kövét megsemmisítik, nehogy Voldemort újból megpróbálja megszerezni. A Griffendél a házak pontversenyén győzelmet arat, Harry pedig hazatér Dursleyékhez, akik mit sem tudnak arról, hogy az iskolán kívül tilos varázsolni...

Forrás: Wikipédia